Năm 1638, Ivan Rebrov đã đặt chân đến sông Indigirka. Trong khoản thời gian từ 1636-1642,Elisei Buza là người đi tiên phong đi đến hệ thống sông Indigirka bằng đường bộ.Cũng vào thời điểm đó, Poznik Ivanov xuất phát từ một nhánh của sông Lena,sau đó vượt qua dãy núi Verkhoyansk và dãy Chersky đến Indigirka. Năm 1642 Mikhail Stadukhin đặt chân đến sông Indigirka bằng đường bộ từ sông Lena.

Zashiversk trên sông Indigirka là một tiền đồn quan trọng của thực dân Nga. Sau đó đã bị bỏ hoang trong thế kỷ 19. Một số khu dân cư khác như là Podshiversk và Uyandinskoye Zimov'ye,hiện tại đã bị bỏ hoang.

Từ năm 1892 đến 1894,Baron Eduard Von Toll thuộc Viện khoa học Nga đã tiến hành khảo sát địa chất trong lưu vực sông Indigirka.